V 30. letih prejšnjega stoletja se je tudi v Pliberku začel pojavljati nacizem. Pri ljudskem štetju 10. aprila 1938 se je v Pliberku od 598 volilnih upravičencev kar 597 občanov odločilo za priključitev k nemškemu rajhu. Po plebiscitu se je v kraju začela gospodarska rast: pol leta pozneje ni bilo več brezposelnih, gradila so se stanovanja, energetska in prometna mreža.
25. septembra 1938 so položili temeljni kamen za glavno šolo, dokončali pa so jo leta 1939.
Vojni čas je prizadel tudi mesto Pliberk. Na stotine v nemško vojsko vpoklicanih vojakov je v boju padlo ali so bili pogrešani. 6. aprila 1941 so v Jugoslavijo vkorakale nemške čete in prodirale proti Balkanu.
25. aprila 1941 je gestapo priprl približno 20 oseb, med njimi duhovnike in slovenske aktiviste. Večina se jih iz pripora ni več vrnila. 14. aprila 1941 so tudi iz Pliberka izselili slovenske družine in jih preko Žrelca pripeljali v nemška taborišča. Mnogo izseljenih je umrlo zaradi mučenja, nekaj jih je končalo v koncentracijskih taboriščih. Na zapuščene kmetije so se priselili Nemci iz Kanalske doline.
Partizani, ki so se zbirali po gozdovih, so edini vodili oboroženi upor proti nemškemu nasilju. Tudi v Pliberku je prišlo do spopadov med partizani in meščani. Na Komelju je bilo 13. oktobra 1944 zaradi izdaje domačina na grozoten način ubitih 14 partizanov. Po koncu vojne, 12. maja 1945, so partizani priprli 73 Pliberčanov. 29 priprtih se ni vrnilo domov. Nekatere ujete osebe so usmrtili na Lešah pri Prevaljah, druge so odpeljali v zapore, kjer so umrli oziroma bili usmrčeni.
14. in 15. maja je angleški general Patrick Scott po pogajanjih na pliberškem gradu predal partizanskim enotam ustaško vojsko, ki se je po kapitulaciji Nemčije z ženami in otroki umikala z ozemlja Jugoslavije. Nekaj izmed zajetih ustašev in domobrancev so usmrtili v Pliberku, večino pa na poti nazaj v ujetniška taborišča v Jugoslaviji, v t. i. marših smrti. Dogodki okoli t. i. Bleiburške tragedije še do danes niso pojasnjeni.
Po podpisu državne pogodbe je postal Pliberk garnizonsko mesto. Vojašnica, najprej v lesenih barakah, je zdaj namenjena izobraževanju vojaškega kadra.