Veliko škode so mestu prizadele tudi kobilice, ki so se dve leti zaporedoma pojavile v velikih rojih in pogrizle vse, kar je bilo zelenega. Pojavila se je silna lakota, ki je prizadela kmete in tudi meščane. Zelo nadležni so bili tudi vojaki, nastanjeni po kmečkih in meščanskih hišah, ko so se pripravljali na vojsko z Ogri. Hoteli so dobro jesti in piti, a nič plačati.
V letih 1680 in 1715 je v Pliberku morila kuga. Iz zapisov je razvidno, da je za kugo v letu 1680 umrlo 82 Pliberčanov. Leta 1715 se je kuga širila iz Velikovca. Pozimi je namreč Drava zamrznila, tako se je bolezen hitro razširila po vsej Podjuni. V mestu Pliberk je od 616 prebivalcev umrlo 216 ljudi. Mrliče so pokopavali v množičnem grobu pred mestom. Po zaprtju grobišča so preživeli na tem kraju postavili kužno znamenje. Na glavnem trgu v Pliberku na kugo spominja velik spomenik iz marmorja iz leta 1724, postavljen po zaobljubi za končno umiritev kuge v letu 1715.
Kot pri vseh župnijskih cerkvah je bilo tudi prvotno pliberško pokopališče okoli cerkve, njeni dobrotniki pa so našli zadnje prebivališče celo v njej. Da bi izboljšali higienske razmere v Pliberku, so med epidemijo kuge prepovedali pokopavanje mrličev okoli farne cerkve, uporabili so pokopališče v Nonči vasi.
Pokopališče ob cerkvi so opustili leta 1805. V letu 1862 so uredili novo pokopališče pod Libičem, slednjega so leta 1899 za 3.600 goldinarjev razširili in postavili pokopališko kapelo.