Kljub razmahu reformacije oziroma luteranstva pa tudi katoliška stran ni bila nedejavna. S podporo škofov, reda kapucinov in jezuitov je hotel deželni knez zatreti reformacijsko gibanje v notranjeavstrijskih deželah. Nadvojvoda Ferdinand II. je leta 1598 v vseh deželnoknežjih mestih in trgih prepovedal protestantsko bogoslužje, ukazal ukinitev protestantskih šol in izgon predikantov. Leta 1628 je ukazal, da so se morali vsi plemiči bodisi odpovedati protestantski veri, bodisi v enem letu prodati vse svoje imetje in zapustiti državo. O razširjenosti luteranstva v Mežiški dolini nam priča dejstvo, da so se leta 1603 v Črni na Rezmanovem naselili jezuiti. Močan simbol rekatolizacije pa je bila tudi gradnjo cerkve sv. Uršule na Uršlji gori, ki jo je leta 1602 posvetil ljubljanski škof Tomaž Hren.